全自動菌落計數儀因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。現今面市的所有全自動菌落計數儀均是采用成像分析法實現自動計數的，即由成像硬件+分析軟件所組成，這二塊內容的任何一塊上出現失分，都會嚴重影響計數分析結果的穩定性。
 

　　全自動菌落計數儀的成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。成像硬件有拍照成像、掃描成像。由CMOS加攝像頭拍照成像的優點是：成像速度快，能展現培養基表層和深層的細微菌落。確保在0.5秒內獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。拍照成像的難題是：因光照面到平皿中部與其邊部的距離遠近不同，導致平皿面上各點的亮度不一致。因此，需由軟件來自動矯正。需指出的是：暗視野僅是成像的一種方式，其現象是目標呈懸浮狀態，早在幾十年就已經出現了。
 

　　全自動菌落計數儀的分析軟件是全自動菌落計數儀的另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養基上的表現或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮以下幾方面：
 

　　1.菌落智能識別技術(能自學習以形成一鍵式操作的，更好)、粘連菌落分割、菌落形態學分析、區域選擇統計、直徑分類統計、鼠標單擊計數、顏色識別統計、人工計數修正、排除污染區域計數、自動換算功能、自動雜質剔除；
 

　　2.自動分析菌落直徑、面積等精確測量長度、角度、面積等測量功能；
 

　　3.數據自動存儲、查詢、Excel導出報表打印等；
 

　　4.抑菌圈測量、紙片法藥敏分析、多培養皿分析、螺旋平皿分析。