一般菌落是指細菌在固體培養基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數以萬計相同的微生物集合而成。在微生物領域，研究人員會將細菌、真菌等微生物進行培養后計算其數量和觀察其形態變化。人工計數具有耗時長、不準確、操作繁瑣等缺點。而菌落計數分析儀廣泛應用于食品和飲料的品質和衛生檢驗、水質分析、乳及乳制品的檢測、醫院臨床檢驗、化妝品檢驗和藥品的品質和質量檢測等。適用于對微生物的菌落計數和菌落生長情況的觀察等。在實際進行菌落計數分析儀操作時要充分了解所在的微生物實驗室的相關情況。
1.微生物實驗室應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在20～24℃，濕度保持在45～60%，超凈臺潔凈度應達到100級。
2.微生物實驗室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。
3.嚴防一切滅菌器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
4.微生物實驗室應備有工作濃度的消毒液(75％的酒精)。
5.微生物實驗室應定期用適宜的消毒液滅菌清潔，以保證微生物實驗室的潔凈度符合要求。
6.需要帶入微生物實驗室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法滅菌。
7.工作人員進入微生物實驗室前，必須用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在緩沖間更換工作服，鞋，帽子，口罩和手套(用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入微生物實驗室進行操作。
8.微生物實驗室使用前必須打開微生物實驗室的紫外燈輻照滅菌30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理微生物實驗室，再用紫外燈輻照滅菌30分鐘。
9.供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用75%的酒精棉球消毒外表面。
10.每次操作過程中，均應做空白對照，以檢查無菌操作的可靠性。
11.吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。
12.接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒滅菌，待冷卻后，方可接種培養物。
13.帶有菌液的吸管，試管，培養皿于高壓蒸汽滅菌鍋121℃保持20min后取出清洗。
14.如有菌液灑在桌上或地上，應立即用75%酒精溶液覆在被污染處至少30分鐘，再做處理。工作衣帽等受到菌液污染時，應立即脫去，高壓蒸汽滅菌后洗滌。
15.凡帶有活菌的物品，必須經消毒后，才能在水下沖洗，嚴禁污染下水道。
16.微生物實驗室應每月檢查菌落數。在超凈工作臺開啟的狀態下，取內徑90mm的無菌培養皿若干，無菌操作分別注入融化并冷卻至約45℃的營養瓊脂培養基約15mL，放至凝固后，倒置于30～35℃培養箱培養48小時，證明無菌后，取平板3～5個，分別放置工作位置的左中右等處，開蓋暴露30分鐘后，倒置于30～35℃培養箱培養48小時，取出檢查。100級潔凈區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落。如超過限度，應對微生物實驗室進行*消毒，直至重復檢查合乎要求為止。